Нью-Йоркский университет был основан 21 апреля 1831 года группой влиятельных нью-йоркцев, среди которых был и бывший министр финансов США Альберт Галлатин, считающийся отцом-основателем университета. В противоположность университетам восточного побережья он должен был быть доступен всем классам, особенно рабочему, и всем религиозным конфессиям. Образцом послужили университеты Парижа, Вены и Университетский колледж Лондона. Концепция образования предполагала, в отличие от принятой классической концепции, наличие новых учебных курсов, например, экономической политики, истории и современных языков. Эту позицию университет сохранил и сегодня. Семейственность и наследственность в преподавательском составе, а также раздача высоких оценок состоятельным студентам не знакомы этому учебному заведению.

Первые два года университет снимал помещения в Клинтон-Холле, затем в 1833 году он приобрел землю на площади Вашингтона. Началось интенсивное строительство. В 1835 году была открыта Школа юридических наук, первая профессиональная школа университета.

В 1894 году в Бронксе, рядом с Колумбийским университетом появилось второе здание университета. Сюда был перенесён Колледж наук и искусств, а также Инженерная школа.

Первоначальное название «Университет города Нью-Йорка» было изменено в 1896 году на «Нью-Йоркский университет».

В начале 70-х годов университет находился на грани банкротства, но сумел справиться с трудностями. Сегодня университет является третьим крупным владельцем недвижимости в Нью-Йорке после городского муниципалитета и католической церкви.

В 60-е и 70-е годы студенты Нью-Йоркского университета приняли активное участие в акциях протеста сначала против чернокожих студентов, а затем войны во Вьетнаме.

Учебные заведения в составе университета

    Институт математических наук
    Школа медицины
    Школа государственной службы
    Школа юридических наук
    Институт изящных искусств
    Колледж зубоврачебного дела
    Институт изучения древнего мира

В университете более 350 студенческих клубов и организаций, а также спортивных команд, научных объединений и творческих групп.

Университет выпускает несколько печатных изданий: ежедневную газету «Вашингтон Сквер Ньюс», юмористический журнал «Плэйг», литературные журналы «Вашингтон Сквер Ревью» и «Минетта Ревью», а также около 100 книг ежегодно

В университете также поддерживаются студенческие традиции. В начале XX века появилась традиция посвящения в студенты. Так в корпусе в Бронксе первокурсников ловили и окунали в поилку для лошадей. Того студента, кого первого обмакнули туда с головой, единодушно признавали «фонтаном знаний». Эта своеобразная инициация существовала до 70-х годов. В наши дни первокурсники принимают участие в университетском мероприятии «Неделя открытых дверей». Кроме этого, в университете традиционно проходят Праздник яблока (тематический народный праздник), Фиолетовый бал (танцы в атриуме библиотеки), Праздник клубники (кульминационный момент которого — самый длинный в Нью-Йорке клубничный пирог) и дважды в год Полночный завтрак перед началом сессии.

Спортивные команды университета носят название  «Фиолетовые».